Wpisanie do rejestru podatników VAT stanowi obecnie dla nowo powstałych firm często nie lada wyzwanie. Zgodnie z art. 94 ust. 4a ustawy o VAT naczelnik urzędu skarbowego nie dokonuje rejestracji podmiotu jako podatnika VAT bez konieczności zawiadamiania podmiotu, jeżeli:
Sytuacja ta powoduje, że urzędnicy skarbowi często udają się na podane adresy zgłoszone przy rejestrowaniu firmy i weryfikują czy działa ona pod wskazaną lokalizacją. Oczywiście urzędnicy nikogo nie powiadamiają, że będą szli na kontrolę lokalu i czasami zdarza się, że nikogo nie zastają. Przedsiębiorcy przecież często prowadzą działania sprzedażowe poza siedzibą firmy, niestety na czas wizyty urzędnika muszą być w firmie. W przeciwnym wypadku zostaje wstrzymane wpisanie firmy do rejestru VAT i nieświadomy niczego przedsiębiorca ma problem. Jeżeli przedsiębiorca interesuje się na jakim etapie jest jego zgłoszenie rejestracyjne VAT-R to szybko wychwyci zaistniała sytuację. W wyniku interwencji w urzędzie skarbowym może spowodować ponowną wizytę urzędnika w swojej firmie.
Nowa firma po zgłoszeniu często już rozpoczyna działalność gospodarczą. Dokonuje zakupu towarów i usług i sama wystawia faktury za swoje usługi i towary. Posłowie zadali pytanie jak mają traktować firmy faktury wystawione przez przedsiębiorców w trakcie uzyskiwania wpisu do rejestru VAT.
„Brak zarejestrowania dostawcy towaru/usługodawcy jako podatnika VAT czynnego w związku z realizacją procesu rejestracji, jako taki nie pozbawia nabywcy towaru/usługi prawa do odliczenia podatku naliczonego (z czym koresponduje obowiązek podmiotu spełniające przesłanki do uznania go za podatnika, o którym mowa w art. 15 ustawy o VAT, co do zasady 5 do wystawienia faktury w przypadkach, o których mowa w ustawie). Jednocześnie jednak nabywca towarów w przypadku pojawiających się wątpliwości odnośnie kontrahenta (gdzie brak rejestracji kontrahenta stanowi istotną okoliczność, która powinna być wzięta pod uwagę) powinien zachować szczególną ostrożność i przedsięwziąć wszystkie działania, jakich można od niego racjonalnie oczekiwać, w celu upewnienia się, że dokonywana przez niego transakcja nie prowadzi do udziału w przestępstwie podatkowym.
Okres pomiędzy złożeniem VAT-R a zarejestrowaniem podatnika jako podatnik VAT czynny, jest okresem weryfikacji podatnika i jako taki z konieczności wiąże się z określonymi, wyżej wymienionymi konsekwencjami tak dla będącego w trakcie rejestracji sprzedawcy jak i dla potencjalnego jego kontrahenta. Kwestia natomiast sprawnego prowadzenia rejestracji leży w gestii organów podatkowych (przy czym należy podkreślić, że prowadzenie rejestracji nie może oznaczać automatyzmu i iluzoryczności weryfikacji, co zmiana ustawy z 1 grudnia 2016 r. potwierdziła).
Niemniej wychodząc naprzeciw oczekiwaniom podatników Ministerstwo Finansów skierowało do podległych organów zalecenie zintensyfikowania działań prowadzonych w procesie rejestracyjnym”.
Naszym zdaniem w praktyce, jeżeli chcemy uniknąć problemów podczas kontroli powinniśmy uzyskać potwierdzenie z urzędu skarbowego naszego dostawcy, że ubiega on się o wpisanie do rejestru podatników VAT. Każda inna forma weryfikacji naszego dostawcy może być naszym zdanie zakwestionowana przez pracownika urzędu skarbowego. W efekcie tego możemy być narażeni nie tylko na zwrot podatku VAT, ale dodatkowo na karę pieniężną często wyższą niż zakwestionowana kwota VAT na fakturze.